Organisasi lingkungan hidup daerah berdiri pertama kali pada tahun 1999 dengan nama Badan Pengendalian Dampak Lingkungan Daerah (BAPEDALDA) dengan Kepala Badan pertama yaitu Drs. Godhard A Nion dan dr. Suryo Supraptono, M.Kes menjadi Kepala Badan Bapedalda terakhir
Tahun 2009 mengalami perubahan nomenklatur menjadi Badan Lingkungan Hidup
